绍兴五年（1135年），金太宗去世，挞懒主政，宋金终成和议。挞懒一上位，秦桧又是一路高歌猛进的升职，一路被任命为醴泉观使兼侍读、行宫留守，并暂去尚书省、枢密院参议政事。显肃皇后去世后，就是宋徽宗的媳妇，高宗重礼发丧，又任命秦桧为枢密使，这个官职就高的不得了了，仅次于当时的宰相张浚。此刻也是岳飞最巅峰的时候，高宗当时让岳飞对全国的大部分军队进行指挥，并且除了张俊和韩世忠外不受任何的节制，一时之间主战派的前景一片大好，岳飞也是信心满满，准备甩开膀子大干一场横扫中原。可惜岳飞还没开始干呢，就被秦桧联合张浚给进谗言，取消了他的统帅地位，高宗听了谗言也怕岳飞功高震主就听信了秦桧了。随后刘光世罢官，郦琼等发动叛乱，率军四万余人投奔伪齐。秦桧借此机会铲除了张浚，而秦桧躲在幕后啥事没有，最后因为张浚下台的时候反对秦桧当宰相，于是高宗任命了赵鼎为宰相。
《宋史》卷473：七年正月，何藓使金还，得徽宗及宁德后讣，帝号恸发丧，即日授桧枢密使，恩数视宰臣。四月，命王伦使金国迎奉梓宫。九月，浚求去，帝问："谁可代卿？"浚不对。帝曰："秦桧何如？"浚曰："与之共事，始知其暗。"帝曰："然则用赵鼎。"鼎于是复相。
绍兴八年（1138年）三月，秦桧二次拜相，再次与金国议和，金国使者带来国书名为"诏谕江南"，秦桧看了以为是封册文书呢，就和金使商议，改江南为宋，改诏谕为国书。多厉害呀，金使不把南宋放在眼里，却愿意和秦桧商议。议和条件就是归还河南，封宋高宗为帝，宋高宗不愿受屈辱，就让秦桧带着朝臣代办了。凡是反对议和的官员，都被秦桧罢黜了。
绍兴十年（1140年）五月，金国撕毁盟约，进攻南宋，结果南宋捷报不断张俊攻克亳州，王胜攻克海州，岳飞败兀术于郾城。秦桧赶紧趁着胜利提出议和。兀术在绍兴十一年（1141年）二月又来攻打南宋，结果宋将邵隆、王德等连战皆捷，收复商州、庐州等地。秦桧一看又赢了，赶紧召回了将领，导致疆土沦陷，并且让宋高宗收回了诸将的兵权，还召回韩世忠、张俊、岳飞，并把岳飞以谋反的罪名下到狱中。十一月，金帅兀术派萧毅等到临安，宋金签订绍兴和议。后来在立嗣和议和的问题上岳飞和秦桧唱反调，秦桧就以莫须有的罪名害死了岳飞。从此秦桧排除异己，一家独大，大兴文字狱，任何人顶撞他都会遭殃，还禁止野史，修改国史，销毁了他当宰相以来所有的诏书和奏章。
