这样秦琼便开始了长达十二年的装病，每逢病时就对人说："我戎马一生，历经大小战斗二百余阵，屡受重伤，前前后后流的血能都有几斛多，怎么会不生病呢！"
李世民为了表达自己对秦琼的关心之情，特地派太医来给秦琼看病。秦琼咳了许久，太医便表示自己带来了良药，并交给了其子秦怀道，吩咐他去煎药。谁知，太医刚走，秦琼便让自己的儿子赶紧把药给倒了。
秦琼这么做并非因为担心李世民害他，而是因为他确实没有生病，没病的人自然不会吃药。而这场皇位之间的争斗，李世民取得了胜利，当李世民登基后，秦琼选择了装病，而且这一装就是12年，李世民偶然还会和他开玩笑说：秦将军为什么老是生病啊，而都被秦琼用旧疾给搪塞过去了。
到了贞观十二年，这次秦琼是真的生病了，而且病的十分严重，不久之后他便病逝了。
《旧唐书·秦琼传》：十二年卒，赠徐州都督，陪葬昭陵。太宗特令所司就其茔内立石人马，以旌战阵之功焉。
