玄武门之变之前李建成和李世民，都想拉拢秦琼，戎马半生的早就看透了兄弟厮杀，并没有帮助任何人，而是选择中立，毕竟当时的秦琼什么事情没有经历过，这样的事情万一出现意外，自己半生的努力都白费了，秦琼也是个聪明人，他知道自己不会为李世民所信任和作用，于是选择韬光养晦。
建国以后，李世民是庶子为了争夺皇位，在各方面和太子都明争暗斗，这些事情，秦琼看在眼里，但是从来不过问，不像有些大臣那样选择队伍站，但是秦琼对这件事不闻不问，他觉得这是别人的家事，自己不方便插手。
而且当时的皇帝还是李渊，谁成为皇帝现在还不清楚，直到玄武门之变以后，李世民成为皇帝，秦琼就越来越想拜托官位的束缚，以生病为由，渐渐的交出了自己的兵权和相关的权力。开始了长达十余年不上朝的生涯，一直以自己身体不适为由，远离李世民的权力中心。
