也这份自负，让李世民对秦琼颇为忌惮。贞观十七年，秦琼的画像进入了表彰大功臣的凌烟阁。入凌烟阁可以算作是一员武将能得到的无上荣誉了。但秦琼的画像却是在最后一名。
原来在李世民看来，秦琼虽然功勋卓著，但功劳都在李渊时期，不像尉迟恭、李勣等人在李世民登基以后一样建立了赫赫战功，在李世民眼里秦琼只能算是父亲留下的旧臣。
《旧唐书·秦琼传》：隋末群盗起，从通守张须陀击贼帅卢明月于下邳。贼众十余万，须陀所统才万人，力势不敌，去贼六七里立栅，相持十余日，粮尽将退，谓诸将士曰："贼见兵却，必轻来追我。其众既出，营内即虚，若以千人袭营，可有大利。此诚危险，谁能去者？"人皆莫对，唯叔宝与罗士信请行。
于是须陀委栅遁，使二人分领千兵伏于芦苇间。既而明月果悉兵追之，叔宝与士信驰至其栅，栅门闭不得入，二人超升其楼，拔贼旗帜，各杀数人，营中大乱。叔宝、士信又斩关以纳外兵，因纵火焚其三十余栅，烟焰涨天。明月奔还，须陀又回军奋击，大破贼众。明月以数百骑遁去，余皆虏之。由是勇气闻于远近。
