至正十五年（1355 年）郭子兴病死，朱元璋就成了这支队伍的统帅。他接着率领大军渡过长江，并于第二年攻占集庆（今南京），改名应天府，作为自己的根据地。朱元璋虽然在实际上建立了自己的政权，但他并没有马上称帝，而是仍然「用龙凤年号」，自己只是称吴国公。
朱升这时向他提出了一个著名的策略建议：「高筑墙、广积粮、缓称王」。他按照这种思想，令将士屯田，尽力兴修水利，以保证军粮供应。因此，朱元璋的势力很快壮大起来，成了一支与群雄逐鹿中原的劲旅。
这时，北边的元政权还在进行垂死挣扎，各地还有一些与农民军为敌的地主武装，有的地主武装还颇为强悍。除此之外，与朱元璋政权并存的割据势力还有数支，而对朱元璋威胁比较大的是陈友谅和张士诚。
陈友谅原是徐寿耀的部下。徐寿耀是长江上游的红巾军首领，在蕲水（今湖北浠水）称帝，国号「天完」，年号「治平」。后来，陈友谅把徐寿耀接到江州（今江西九江），不久便把徐寿耀杀掉，自称皇帝，国号「汉」，年号「大义」。他拥众数十万，与朱元璋展开激烈的争战。
张士诚以平江（今江苏苏州）为都城，自称诚王，国号「周」，年号「天佑」。他不属红巾军系统，对元政权时降时叛。
