不久黄巾起义爆发，孔融受命讨伐许昌的黄巾军，反而被黄巾军围困。正逢天下大赦，太史慈回家探望母亲，母亲对他说道："你与孔北海虽未蒙面，但是他对我赡恤殷勤，如今他被困，你应该前去相助。"于是太史慈安顿好母亲，独自前往许昌，趁夜突入重围见到孔融，劝说孔融出兵讨贼。孔融不听，一心等待外援，数日下来外援不到，反而黄巾军围困日益严密。孔融这才想到找平原相刘备求援，可是几次派人突围都没有成功。
虽然太史慈对孔融非常失望，但是仍主动请缨。
孔融失落地说道："这么多次都失败了，你虽有壮志，但是这件事实在太难了。"太史慈答道："我来是应家母之命，为了报效您对家母照顾之情，我愿意为您试一试。"孔融这才同意。
第二天太史慈吃饱饭骑马背弓箭出城，黄巾军立即绷紧神经全力戒备，可是太史慈只是安好箭靶练习射箭，随后便回城了。明日也是如此，后天也是如此。
终于有一天，太史慈出城，黄巾军已经司空见惯干脆躺着不动，而太史慈竟然骑马驰骋而去。黄巾军慌忙追赶，太史慈早已突过黄巾军阵营，转身用弓箭射倒数人，再无人敢去追赶。
