不过虽然如此，大明王朝还是不能有效的控制新疆：因为他们的战略目标始终是放在北方，那就是当时的北元，而西域经过蒙古多年统治根本无法有效控制，其实以当时明军的军事实力绝对是能够打下西域的，可是打下来就要意味着面对察合台汗国和蒙古残部的两面夹击。
所以这就是明初遇到的问题：打得下却守不住，所以自朱棣之后明朝一直在进行战略收缩，直到嘉靖时期彻底退出哈密卫退回嘉峪关，之后后金崛起，明朝再一次将目光放在了东北。
而也正是因为明清无暇他顾之际，此时的西域崛起了一股新的势力那就是准噶尔，他们曾经是明朝的死敌瓦剌部，后来由于分裂，其中一部继续向西迁移，而准噶尔在明清交战之际从新疆崛起。
在清朝建立之后，准噶尔仗着强大的实力屡屡犯边清朝，大有统一蒙古之时，所以为了消灭准噶尔，从康熙皇帝到乾隆皇帝一直持续对西域用兵，总计历经三世共计百年终于平定了准噶尔，收复了新疆，至此脱离将近一千年的西域重回中国怀抱。
所以清朝虽然导致了近代的衰弱，可是在版图这一块上我们还是要感谢清朝，因为康熙雍正乾隆三位皇帝维护祖国统一这一块上是没得说的，也正是因为他们的努力这个多年在外的"游子"重回祖国母亲的怀抱。
