在窝阔台死后，按理来说蒙古大汗之位该由窝阔台一脉继承，可是窝阔台一脉的人意外频出，先是指定的继承人阔出意外战死，而阔出的儿子又年纪太小，所以便由贵由继位，可惜贵由没几年也挂了。
而拖雷的儿子们趁此机会发难和窝阔台一系争夺汗位，最终蒙哥胜出，窝阔台一脉失去了蒙古的权力大棒，可是他们又不甘心于是想凭借窝阔台汗国和元朝对抗，而元朝则联合察合台汗国击败了窝阔台汗国，作为奖励西域落入了察合台汗国手中。
然而察合台汗国在不久之后也相继分裂，东察合台汗国继续统治西域，由于当时的大汗信奉伊斯兰教，就让汗国所有成员都改信伊斯兰教，所以这也是为什么如今的西域信奉伊斯兰教的原因。
而到了元末明初的时候，中原又出了一对父子，那就是朱元璋和朱棣父子，他们两父子雄才大略，不忍心西域沦于敌手，为此发动了几次北伐想要收复西域，朱元璋收费新疆，而朱棣在父亲的基础上建立了哈密卫。
