后来，到了1860年，太平军形势紧迫，曾国藩开始启用左宗棠，从此，左宗棠的军事才能得以展现。曾国藩是一个胸怀坦荡的人，用人不疑，疑人不用。所以，对于左宗棠，他给予其足够大的权力，让左宗棠可以独当一面，并将部分湘军拨给他使用，这使得左宗棠的势力得到了快速增长。
在左宗棠拿下杭州之后，曾国藩向朝廷举荐了左宗棠，让其担任杭州巡抚。可以说，曾国藩对于左宗棠那是有知遇之恩的，但是，在太平天国被剿灭之后，曾国藩和左宗棠的关系却逐渐恶化。而关系僵化的原因，是关于洪秀全小儿子洪天贵福的下落问题。
在太平天国政权倒台，天京被攻陷之后，曾国藩得到消息，说洪秀全的儿子已经死了。于是，便把这个消息上报给了朝廷。
但是，在这个时候，左宗棠却站了出来，并持反对意见，说："洪天贵福并没有死，而是逃跑了。"更有甚者，左宗棠说："曾国藩有欺骗皇帝的嫌疑，居心叵测。"要知道，欺君这个罪名可是不小的，搞不好是要被杀头，或者满门抄斩的。
