公元93年,匈奴单于於除鞬叛乱,刘肇派遣遣中郎将任尚平定於除鞬。同年,武陵郡兵大破武陵蛮,护羌校尉贯友讨伐烧当羌使其遁逃,南单于安国叛乱为骨都侯喜斩杀。
公元94年七月,西域都护班超大破焉耆、尉犁,西域降附者五十余国。同年,南匈奴逢侯单于率胡兵出塞叛乱,九月,刘肇以光禄勋邓鸿为主将,统帅越骑校尉冯柱、行度辽将军朱徽、使匈奴中郎将杜崇征讨匈奴叛军,十一月,护乌桓校尉任尚率乌桓、鲜卑大破逢候单于,冯柱遣兵追击复破之。
公元101年八月,护羌校尉周鲔讨伐烧当羌,大破之。十一月,鲜卑侵犯北平进入渔阳为渔阳太守击破。十二月,巫蛮叛乱侵犯南郡,公元102年四月,刘肇派遣使者都督荆州兵迫降巫蛮。终汉和帝一朝,武功赫赫,开疆拓土,四夷宾服。但是这些武功,在后世儒家的眼中,恐怕是"刀兵者不祥之兆"吧,嗯,应该与领国和平相处,哪怕别人抢我的地,掠夺我的子民,也应该让着他们,毕竟我们泱泱华夏,是礼仪之邦嘛,最好每年还主动送上几十万花才对。可惜汉朝皇帝都是"小心眼"啊,受到"欺负"就一定要把对方灭族的主。