在舆论的压力下，清廷不得不引起重视，在慈禧太后的直接干预下，光绪二年（1876年）十二月，刑部、都察院、大理寺会审，对葛品连进行开棺验尸，澄清了事实，冤案得以昭雪。
知县刘锡彤被革职，流放黑龙江；杭州知府陈鲁、宁波知府边葆诚均被革职；其他涉案官员三百多名、办案人员三十人或被革职、或被充军、或被法办，其中有一百五十名六品以上官员遭到"革除顶戴花翎，永不叙用"的惩罚。
葛品连之母沈喻氏被杖责一百，判处有期徒刑四年，毕秀姑因"不避嫌疑，致招物议"，杖责八十，后来出家为尼，种菜养鸡维持生活，民国十九年（1930年）圆寂，享年七十五岁。
杨乃武"不遵礼教"，取消举人资格，杖责一百，晚年在家乡种桑养蚕为生，民国三年（1914年）病逝，享年七十四岁。
