后人估计，仅仅崇祯十六年（1643年），因为鼠疫而病死的百姓就达到了五分之一，甚至是四分之一。
瘟疫过后，北京城街头巷尾的小贩和雇工已经倒毙殆尽，整个北京城甚至连叫花子都找不到。
至于北京的军队，有数据统计，北京爆发瘟疫之初有2.7万匹战马。但到了李自成破城之前，北京军队中能够作战的马匹仅剩下了1000匹。而北京城的士兵更是由10万锐减到了5万，即便是侥幸存活下来的士兵，他们也因为身体虚弱、衣着狼狈而失去了战斗力。
据后世学者统计，这一次瘟疫使得华北地区的陕、晋、冀、京等地区损失了约一千万以上的人口。可以说，这次瘟疫也是导致明朝灭亡的根本原因之一。
