袁绍无奈，只得上书表白一番。曹操以献帝的名义任袁绍为太尉，封邺侯。太尉虽是"三公"之一，但位在大将军之下。袁绍见曹操任大将军，自己的地位反而不如他，大怒道："曹操几次失败，都是我救的他，现在竟然挟天子命令我来了！＂拒不接受任命。
曹操的实力毕竟还不如袁绍，不得不把大将军的职位让给他，自己任司空（也是"三公" 之一），代理车骑将军（车骑将军位次于大将军和骠骑将军），以缓和同袁绍的矛盾。
由于袁绍不在许都，曹操仍然总揽着朝政。
与此同时，曹操安排和提升一些官员，以荀彧为侍中、尚书令，负责朝中具体事物，以程昱为尚书，又以他为东中郎将，领济阴太守，都督兖州事，巩固这一最早根据地，以满宠为许都令、董昭为洛阳令，控制好新旧都城，以夏侯惇、夏侯渊、曹洪、曹仁、乐进、李典、吕虔、于禁、徐晃、典韦等分别为将军、中郎将、校尉、都尉等，牢牢控制军队。
