后来田千秋上书诉太子冤枉，清醒过来的汉武帝查清了此案，将江充等人问斩，其中有一位叫马何罗的，在陷害太子出力甚多，如今要被查出来问罪，于是决定谋反。
汉武帝当时又正好去了林光宫，于是马何罗等人就商量着行刺。金日磾因为一早就察觉异样，因此时刻跟随在汉武帝身后，马何罗等人谋反之时正是他拼死护住汉武帝，并且抓住马何罗。此次之后，马何罗等人受到审讯问罪，而金日磾则更受汉武帝重用。
辅佐昭帝
汉武帝临终之时，将年幼的刘弗陵托给金日磾辅佐。汉武帝还留下遗诏，以讨灭马何罗的功劳封金日磾为秺侯，金日磾因为汉昭帝刘弗陵年幼，坚辞不肯接受封爵。
