次年，李定国又从广西出发，攻占广东大片土地，顺治十一年，李定国发动了对肇庆新会等地的进攻，清军尚可喜部仓促迎战，最终将李定国击败，在各个抗清战场节节胜利之时，清军只能退守汉中，全部放弃四川，连战略要地保宁，都让给了南明方面。
清军最终对四川展开进攻，是在顺治十四年。该年十二月，清廷正式下达进军西南的命令，令吴三桂为平西大将军，同御前侍卫李国翰、固山额真墨勒根等人进军四川，配合征南将军赵布泰、宁南靖寇大将军宗室罗托等人，从湖南、广西、四川三路共同进攻永历政权。清军吴三桂部于顺治十五年二月出兵南下四川，三月占领已放弃的保宁，该月十四日到达合州，四月占领重庆，后进入贵州，同他部清军汇合，永历政权最终败亡。此时的四川，根据巡抚李国英的奏报，"滇乾巨寇刘文秀、李定国等遣发贼党分据蜀疆，镇将统兵驻防诸路布置控御，在我版图者皆石田瘠土，而东西南膏腴沃壤尚在化外"[7]，又如四川巡按高民瞻报："达州地方，先经归附，九年滇寇犯川，复沦化外"[8]，可见四川大部分地区尚在南明抗清势力的控制之下。
总之，清军在顺治三年以来，长期无法实现对四川全境的全面控制，直至顺治十四年清军发布消灭南明永历政权的总动员令，四川才最终被清军所占领。不能排除清军在四川有零星、局部的屠杀和对百姓的侵犯，但是
那种全面、系统性地针对降附百姓的屠杀是无法办到的，原因是力有未逮
。
