顺治二年十一月，清摄政王多尔衮任命何洛会为定西大将军，同左翼固山额真巴颜、右翼固山额真墨尔根、侍卫李国翰等率兵出征四川，三年，又命肃亲王豪格为靖远大将军加入作战序列。顺治三年十月，驻防汉中的张献忠部将刘进忠叛投清朝，带领清军入蜀，川北大门洞开此时，张献忠已于该年八月率军转移，十一月，清、献双方在四川西充凤凰山遭遇，张献忠在毫无预警的条件下出营巡查，被清军前锋所杀，随后，清军对防备松懈的大西军进行突然袭击，大西军猝不及，遭遇惨败，被迫退入云南，坚持抗清斗争。
清军虽然取得击杀张献忠、击溃大西军的胜利，但并没有在四川持续作战，肃亲王豪格很快率军退回北京。但是，清政府没有想到的是，由于其的民族压迫政策，导致中原百姓的激烈反抗，各地曾投降清朝的将领和官员也纷纷起兵抗清，导致清军不得不在各个战场疲于奔命。从顺治三年到顺治五年，四川本地并没有清军的大规模野战兵团存在，直到顺治五年四月，清廷才派出吴三桂军团镇守陕西汉中，伺机对四川发动进攻。
清军吴三桂部出征后不久，清山西大同总兵姜骧叛清自立，北方清军"精兵猛将几乎全部派往山西"[2]，双方展开激烈争夺，而吴三桂部也长期困在陕西无法入川作战。直到顺治八年，清军主力部队尚且无法进驻四川。顺治八年九月，吴三桂部才进驻四川，清廷给他的命令中说："四川逆贼盘聚，斯民陷于水火，兹特命尔统帅大军，入川征剿"[3]。此时的四川正处在严重的战乱之中，据顺治五年，四川巡抚李国英向朝廷报告说：
不意王驾凯旋，寇党又复四起，斯时也，职病正在危急，兵丁死亡过半，只得力疾持戈一死报国而已。职正剿贼于遂射之间，而东南镇道职柏永馥、张勇、袁一相、董显忠俱因无粮，贼众合营同来，会职闻赵逆侵犯保宁，而城中多官，求救甚急。职等酌议星夜前来解围，候待秦兵，再图大举。[4]
此处提到的保宁乃今四川之阆中。清初由于四川动荡不安，清军力量严重不足，因此只能将首府从成都府迁移到保宁。而此时，南明方面在四川的势力却已达到全盛，永历政权建立以后，任命四川、贵州本地大量军阀、官僚，试图恢复失地，根据李治亭先生的研究，有四川巡抚樊一衡、四川巡按御史钱邦芑、驻嘉定之华阳伯杨展、驻遵义之平寇伯王祥、驻龙安之定随侯赵荣贵、驻重庆之袁韬、驻涪江之定川侯李占春等等，其余大小明军无数[5]。可见此时永历朝廷在四川的势力范围远远大于清廷，这就是清军在川中无法立足，只能退守川北的原因。由此可见，在此时无法占据四川大片土地的清军根本不可能展开大规模骇人听闻的屠杀。
