12世纪时，德意志人的殖民运动开始进入波罗的海东岸地区。1170年，波美拉尼亚的索比斯劳公爵在普鲁士地区建立第一个殖民地，即但泽附近的奥利瓦修道院，1224年该修道院被古普鲁士人焚毁。1226年，波兰王国国王之子、马佐维亚公国首领康拉德公爵的领地也遭到古普鲁士人袭击，以此为契机，条顿骑士团在普鲁士地区发动为时近200年的东征运动，先后建立托伦、马林堡、库尔姆、埃尔平等要塞，普鲁士成了条顿骑士团的地盘，德意志人、波兰人、立陶宛人和欧洲其他种族纷纷前来移民。条顿骑士团迫使其皈依基督教，使用德语。16世纪后，普鲁士人同化于德意志人，所使用的普鲁士语也逐渐消失。所以德意志和普鲁士完全是两个人种，只是少数民族融入了德意志。
条顿骑士团一蹶不振
条顿骑士团统治下的普鲁士地区在名义上属于教皇领地，但教皇只享有名义上的宗主权。为了吸引定居者，条顿骑士团依据汉萨同盟法律，在其领土上兴建一系列自由市。1379年条顿骑士团加入汉萨同盟。1370年波兰王室绝嗣；1386年波兰国王的女儿海德维希嫁给立陶宛大公、波兰与立陶宛联合；此后为保护其出海口和夺回历史领地、与条顿骑士团发生一连串战争。在1410年7月15日的格伦瓦德之战（或第一次坦能堡会战）中、条顿骑士团败于波兰和立陶宛联军，被迫签订第一次托伦和约；除赔款600万格罗申外，还将但泽置于波兰主权之下。1466年条顿骑士团再度战败，在第二次托伦和约中被迫割让包括但泽和马林堡在内的西普鲁士。这些地区被称为"王室普鲁士"，实际上就是波兰的一个省。条顿骑士团保留普鲁士的残余领土，而且要效忠波兰国王，成为波兰的附庸国。
勃兰登堡兴起
1512年，来自勃兰登堡霍亨索伦家族的阿尔布雷希特被选为条顿骑士团总团长，他是勃兰登堡选帝侯的近亲。在马丁·路德的影响下，1525年他宣布改信路德宗，从而切断与骑士团名义宗主罗马教廷的联系，随后宣布解散骑士团，改为普鲁士公国，阿尔布雷希特自任普鲁士公爵，成为臣服于波兰最高权力之下的世俗君主。
