法国大革命后，普鲁士因为受到奥地利和英国的邀请、参加反法同盟，结果大败于法军，普鲁士战无不胜的神话消失一半；因此在1795年同意法国兼并莱茵河以西的德意志领土，而把莱茵河以东的德意志邦国纳入自己的势力范围。表面上看来，半波兰半普鲁士的命运是不可逆转的了；但是历史却偏向无法预料的方向。
腓特烈·威廉三世
腓特烈·威廉三世（1797年即位）于1806年10月参加反法战争，随即在耶拿被拿破仑的击溃，被迫逃往柯尼斯堡，这使得普鲁士军的神话彻底粉碎。1807年普鲁士和法国在涅曼河的提尔西特缔结和约，普鲁士割让16万平方公里土地，包括普属波兰的绝大部分领土（第二次、第三次瓜分波兰所得，以及第一次瓜分波兰所得领土的南半部），以及易北河以西的全部领土，并赔款1.3亿法郎。这一连串看似屈辱的条约，到日后反倒成为普鲁士统一德国的基石；丢失大部分波兰领土，不但让普鲁士没有像奥地利一样深陷多民族国家的深渊无法自拔、而且给她德国统一后的单一的、纯粹的德意志民族。
1806年惨败后，普鲁士首相卡尔·施泰因开始推行改革，其措施包括：让公民参与政治以唤醒其民族主义情感、释放农奴、实行地方自治、改组中央政府机构。1809年在柏林创办腓特烈·威廉大学（柏林大学），同时格哈德·冯·沙恩霍斯特开始对普鲁士军队进行改革。此后普鲁士的爱国主义情绪高涨。1812年冬，拿破仑军队自俄国败退；普鲁士遂于次年再度参加反法同盟，于1813年3月17日对法国宣战。10月24日，俄奥普三国联军在布吕歇尔和格奈森瑙指挥下在莱比锡大败法军；1815年英军联合三国联军在滑铁卢再度击败法军。
根据奥地利的梅特涅主导的维也纳会议；普鲁士仅仅在旧波兰恢复5%（其余划给俄罗斯），但因为自己本身在德国西部有领土、所以得到默麦尔河到莱茵河的领土作为补偿（居民大多是天主教徒）；成为德意志邦联内德语区居民最多的国家。奥地利的梅特涅虽然把普鲁士的领土一切两半、中间还有英王的直属国汉诺威，加上自己奥地利本身就很庞大、还获得大量北意大利和克罗地亚的领土；但其中德语区的奥地利部分只占奥地利帝国总面积的15%，日后庞大的奥地利帝国必定被错综复杂的民族关系给拖累。
