经过精心的准备，朱棣终于发动了北伐战争，几十万大军浩浩荡荡地进军草原。他的第一个目标是攻打鞑靼政权的阿鲁门部。不知是谁走漏了风声，阿鲁门部竟然提前转移了。
朱棣既生气，又怀疑是朵颜三卫泄露了消息，便在班师回朝的途中，趁着朵颜三卫没有防范之际，突然命令军队对朵颜三卫展开了军事行动，一举消灭了朵颜三卫，斩首数千级，尽收其牲畜和人口。
朵颜三卫的建制被朱棣取消，人口归边镇直接管理，直到明宣宗时，朵颜三卫才重新恢复。不过，他们的实力已经受到很大的削弱，很难再对明朝构成威胁。
朵颜三卫被剿灭，并非朱棣背信弃义，他们原先的功劳，并不是胡作非为的借口。朵颜三卫一而再、再而三地侵扰明朝百姓的安宁，即便曾经立下再大的功劳，也是无法被容忍的。
更何况，在朱棣这样一位强势君王面前，朵颜三卫把自己当成明朝和蒙古政权之间的棋手，显然是找错了自己的定位。他们原本凭借贸易就可以过上更好的日子，却野心膨胀，最终落得个横尸草原的下场。
