6.天启至崇祯：衰退期
天启至崇祯是明朝的衰亡期，也是锦衣卫的衰退期，东厂甚至一跃成为了锦衣卫的领导。比如天启初期的锦衣卫镇抚司指挥刘侨为人正直，却因为“不肯献媚，不肯杀人”而被魏忠贤罢官免职。后来田尔耕上台后索性认魏忠贤当了干爹，时人呼为“大儿田尔耕”，锦衣卫上下俨然沦为了东厂附庸。崇祯帝上台后虽然拨乱反正铲除了阉党，但已无法改变锦衣卫的颓势。
作为皇帝的直属机构，锦衣卫在监察权力的行使过程中，通常会干预到正常的司法程序。譬如锦衣卫与“三法司”共同办理案件时，“三法司”要听从锦衣卫的指挥；锦衣卫独立办理的案件则是不允许“三法司”擅自插手。就监察权而言，无论是都察院、监察御史、六部给事中还是提刑按察司都只有监察没有司法大权，而锦衣卫却有着自己一套独立的监察和执法体系。这也使得在人治时代下的锦衣卫制造出了许多的冤案，例如天启年间，北镇抚司许显纯为了让杨涟下狱，直接伪造笔录随后动用大刑。为了逼其诬陷前兵部尚书受贿不成，索性连供词也伪造了。
此外，锦衣卫的抓捕行动也多为非法。按照制度，锦衣卫抓人不仅要有刑科的驾贴还要有督察院的批文，如果出京抓人还另需司礼监的批文。但在实际操作的过程中，锦衣卫往往连驾贴与批文都不申请就将“犯罪嫌疑人”随意缉拿。锦衣卫此举，无疑是对明朝法制的破坏，也是对包括监察制度在内各项制度的损害。法外用刑也是锦衣卫的标签之一，早朱元璋铲除功臣集团时期，就授权锦衣卫大行杀伐。有明一代，锦衣卫的诏狱也是臭名昭著的存在。
