3.弘治至正德：波动期
从孝宗朱祐樘弘治到武宗朱厚照正德年间（1487年——1521年）的30多年里，锦衣卫的权力变动较大。由于正德皇帝的贪玩，使得朝政大权为大太监刘瑾所把持，他将自己的心腹安插在朝廷各个重要位上，锦衣卫指挥使自然也是他的人。锦衣卫依附于东厂，不仅让自身权力地位有所下降，也使得厂卫颉颃的格局发生了变化。刘瑾伏诛后，锦衣卫指挥使的位置被武宗的宠臣钱宁获得，锦衣卫的权势也跟着上升。
4.嘉靖时期：鼎盛期
武宗驾崩后皇位被兴献王世子朱厚熜捡漏，这便是大名鼎鼎的嘉靖皇帝。嘉靖帝痴迷于炼丹修道，在取得一定的政绩之后，便将大权分给了内阁和司礼监，让双方互相制衡处理国事。在他的这一套平衡术之中，锦衣卫自然也充当着不可或缺的角色。所以嘉靖朝的锦衣卫权力达到了顶峰，特别是陆炳执掌卫政之时，甚至让东厂为之低头俯首。
5.隆庆至泰昌：正常发展期
这个时期经历的皇帝包括隆庆帝穆宗朱载垕、万历帝神宗朱翊钧和泰昌帝光宗朱常洛（1567年——1621年）三位，共历时半个多世纪。这段历史时期的锦衣卫变迁史记载较少，但仍旧可以从一些事件中窥视一二。比如万历年间的锦衣卫指挥使朱希孝，就是一个本本分分的老实人，一切行动严格遵照规章制度来办，全然没有了锦衣卫雷厉风行的特色。锦衣卫与东厂互利互惠、相互合作的局面，也正是在万历朝形成的，但总的来说此时锦衣卫的权力已经不及东厂。
