这两派互相之间争执不下，也没有个定论。但是后来，皇帝派汪直前往辽东进行调查，结果成了坚定的主战派，并且还痛批主和派误国。朱见深听信了汪直的建议，为此还将主和派的马文升下了大狱。由此可见，朱见深内心深处，还是想战的。成化三年，朱见深下令，明军攻打建州女真，而且下了一道非常铁血的命令，毁其巢穴，绝其种类。这一道命令一下，基本上就是种族灭绝性质的屠杀令了。
大将赵辅领军六万，分为三路大军，进攻建州女真。当时的朝鲜，作为明朝的藩属国，也参与了这场战役，出兵配合明军进攻。经过了一个月的战斗，准确说应该叫围剿，明军斩首俘虏了数千人。整个建州女真遭遇了毁灭性的灾难，老家建州大营被一把火烧成了灰烬，尸横遍野。朱见深以铁血手段解决了这场暴乱，用出兵的方式镇压了建州女真的叛乱，还除掉了满清最重要的几个祖先，就连努尔哈赤的五世祖，还有女真首领，都死在了这场战斗中。
通过这件事，我们可以得到两个历史教训。第一个就是，斩草不除根，春风吹又生。建州女真损失重大，却没有被彻底除尽，这也为后来满清的崛起埋下了祸根。如果当时杀尽，一个不留，也就不会有后来的一系列问题了。另一个就是，朱见深和汪直，在满清编修的《明史》力被黑得很惨，也就不奇怪了。
