明朝灭亡之后，许多反清复明势力崛起，其中不少人被驱赶到海外，其中就有明朝遗民来到纳土纳群岛，当时遗民的首领叫张杰绪，他是广东潮州人，在他的带领之下，荷兰人被赶出纳土纳群岛，张杰绪在此岛建立了纳土纳王国，并自立为国王，严格来说，此时的纳土纳群岛仍算中华领土。
19世纪初，纳土纳王国内部发生矛盾，张杰绪的后人争权夺利，最终连年征战，于是王国土崩瓦解，这时清朝处于嘉庆时期，正在闭关锁国，对于纳土纳群岛的动乱不闻不问，在清朝看来，这些都是明朝遗命，自相残杀而死正是求之不得，这时荷兰殖民者卷土重来，又占领了纳土纳群岛。
就这样，被明朝统治了两百多年的纳土纳群岛，彻底沦为荷兰殖民地，清朝完全把它弄丢了，为了镇压当地华人反抗，荷兰殖民者还进行过好几次残酷的大屠杀，后来清朝灭亡，再到民国时期，此岛上的华人，几乎被屠杀殆尽。
二战期间，纳土纳群岛被日军占领，岛上为数不多的华人，再次被日军屠杀，二战结束后， 由于各种原因，纳土纳群岛被并入印度尼西亚，岛上有丰富的石油资源，原本该属于中国的，可惜至今也收不回来，或许日后也很难再收回来了，可惜可惜！
