郑和下西洋是中华历史上的创举，郑和虽然是太监，但却给当时大明朝作出很大贡献，他从海外带回不少奇珍异宝，同时向海外介绍中华文化，除了为中华跟外海文化进行交流之外，郑和还发现一座岛屿，这就是纳土纳群岛。
永乐年间的明朝异常强大，国家版图也很大，朱棣听说郑和发现了纳土纳群岛，位于马来半岛和婆罗洲岛之间，总面积2110平方公里，一共有272个岛屿，郑和前后七次下西洋，所以明朝就把纳土纳群岛变成物资供给的中转站，皇帝还把它命名为"石塘屿"，于是纳土纳群岛成为明朝版图的一部分。
在郑和之前，纳土纳群岛是无人地区，按理说这种"无人区"谁发现了就算谁的，明朝统治纳土纳群岛期间，有不少青壮年外出捕鱼，也在这里往返歇息，随着人来人往增多，纳土纳群岛也呈现出一片繁华景象，当地还建起了客栈，朱棣去世后，再也没有下西洋活动，可纳土纳群岛仍属于明朝管辖。
明宣宗时期，朝廷已经意识到，纳土纳群岛有重要的战略地位，所以就派人守护此岛，同时还派人进行管理，同时鼓励渔民迁居于此，明朝规定此岛上的大明百姓永远不用纳税，在好政策的鼓励下，越来越多华人迁居纳土纳群岛，这里也成为明朝最南边的瞭望区。
明朝崇祯年间，开始内忧外患，朝廷一边要对付李自成、张献忠的造反，还要对付关外女真的骚扰，根本无暇顾及纳土纳群岛，而有"海上马车夫"之称的荷兰人，趁机占领此岛，兵器强迫当地华人学习荷兰语，同时要大力征税，随后明朝日益衰败，荷兰人就在纳土纳群岛定居下来。
