吴三桂最终还是没有北上，并在湖南沿江布置防御工事，康熙帝抓住机会调整战略、安排兵力。当时的反叛力量也不止吴三桂一支，还有其他两大藩王和陕西王辅臣、甘肃张勇以及明朝的残余势力。但是康熙帝对这些反叛势力很是宽容，实行招降策略，可对吴三桂的叛军是坚决打击。这样就使得吴三桂孤立无援，同时康熙帝以湖南为进攻的重点，作为满族皇帝还充分信任汉将，使得士气得到鼓舞。
最终在耿精忠、尚之信归顺朝廷后，吴三桂自知大势已去便在衡州匆匆称帝，过了一把皇帝瘾，没多久就病死了。康熙二十年清军攻入昆明，吴三桂的孙子吴世璠自杀，三藩之乱得以被平定。吴三桂的失败究极原因还是他太优柔寡断，错失了战机。在长江边上担心渡江后后方不稳定，又担心渡江后难以打败清朝北方的精锐部队，做事畏手畏脚，没有大局观念，最终错失了问鼎中原的机会。可见吴三桂的军事能力虽然还不错，但是政治格局太小了，完全不是康熙帝的对手。
