永历帝在位十六年，是最后一位汉人正统皇帝。永历帝死后台湾还在郑氏的手中，且台湾一直奉明朝为正统，沿用永历的年号。明郑时期台湾共经历了五王，历时二十二年。郑成功在台湾建立政权后将台湾改称为东都，其子郑经继位后改东都为东宁，对内仍然奉南明永历帝为正朔，并且开始有了建国长治的想法，自称“东宁建国，别立乾坤”，西方称此时的台湾为东宁王国，清朝史料中称此时的台湾为东宁省。但虽然台湾表面上奉明朝为正朔，实际上永历帝死后再也没有拥立明朝宗室为帝或者监国，台湾实际上就是以郑氏集团为首的独立行政机构。康熙二十一年清朝认为收复台湾的时机成熟了，于是派施琅率军两万，战船200余艘从福建漳州出发，向澎湖和台湾进军，郑军不敌，延平王郑克塽只得率众人归顺清朝，至此南明所有政权全部消亡。
南明消亡后清朝成为中国唯一正统王朝，当然这只是清朝统一战争中的一小部分，直到乾隆二十四年平定大小和卓叛乱后，清朝才算真正统一，然而此时的清朝离衰败也不远了。
