裕仁在第二次世界大战和侵华战争中所扮演的角色并非如日本右翼为其开脱时所说的那样是“被动”，他是日本三军的最高统帅。在整个战争期间，他出席所有重要的军事会议，发布一系列命令，这已被无数铁一般的史料所证明。他于1937年8月15日，亲自在皇宫召见松井石根，任命他为上海派遣军总司令。在松井石根率部西进南京时，“裕仁在皇宫里建立了他的帝国最高指挥部来监视所有重要战场。这个指挥部，政治家们，甚至首相也都是被排斥在外的”。(《南京大屠杀——历史照片中的见证》，283页)为了更加紧控制军队的动作，裕仁又速派朝香宫接替松井为上海派遣军司令。
裕仁对南京大屠杀非常了解，1938年1月，裕仁的表弟、驻德国代表贺阳宫邦宪访问南京，归来向裕仁报告南京惨状，裕仁无动于衷。他的胞弟三笠宫崇仁亲自向他报告南京日军暴行，他亦并未予以干预和制止。三笠宫崇仁亲王是裕仁最小的弟弟，他对日军在南京的暴行曾痛心疾首，并向裕仁谈到南京的情况，还让他看了中国拍摄的有关日军在华暴行的电影片。1944年，三笠宫曾撰写谴责日军在华暴行的讲话稿，但日本军方禁止公布他的这一讲话稿，并将其没收销毁。1994年6月6日《读卖新闻》采访已成为历史学者的三笠宫，谈到上述情节，但可惜没有谈及当时裕仁的态度。事实证明，裕仁对南京大屠杀是不反对的，相反，还对日军参与屠杀的高级将领予以嘉勉。
1938年2月12日，朝香宫回国复命,裕仁就在皇宫接见并对他的屠城“战绩”大加赞赏，特赐雕有日本皇室菊花纹徽的银质花瓶一对，以示褒奖且因“战绩”恢复朝香宫的皇室身份。他的军衔也因屠杀“有功”而被晋升为大将。在此之前，裕仁闻听朝香宫率军攻陷南京，曾向日本大本营参谋总长、也是他叔父的闲院宫亲王谈到，对朝香宫在南京的行动异常满意。闲院宫据此向朝香宫发出贺电：“战绩卓著，史无前例”。此后，朝香宫与裕仁的关系更加密切，经常会晤，也一同打高尔夫球。2月26日，裕仁同时接见了南京屠城的两个元凶松井石根、柳川平助，对他们攻克南京，予以嘉勉，也各赠一对皇家菊花纹徽银瓶以示褒奖(其实，松井于1937年12月17日到19日只在南京住了三天，而大部分时间直接在南京指挥屠杀的则是朝香宫)。
朝香宫及裕仁等之所以能逃脱惩罚，是因为得到了麦克阿瑟的庇护
日本投降后，为逃避审判，裕仁首先将原来委以重要军职的皇室成员调离军职，并与麦克阿瑟会晤后，最终获得美国政府“不得审判天皇及皇室成员”的承诺。南京大屠杀的首犯朝香宫最终得以逃脱极刑，逍遥法外，终日以高尔夫球自娱，以94岁高龄于1981年4月12日死去!
麦克阿瑟在刚刚占领日本之时，确实想履行他的诺言：“不追究天皇的战争责任，死不瞑目!”以洗刷他在菲律宾被日本战败的耻辱。严惩日本的战争罪行，审判日本天皇，一度是驻日美军管制当局的首要任务。而且麦克阿瑟一度还想利用日本皇室之间的矛盾，换掉裕仁。
