遗体处理问题是疫情期间碰到的最大问题之一。本地已有的停尸房设计能力才36人，但这远远不能满足需求。停尸房的遗体堆积高达4层，五官流出的血液散发出恶臭，十分恐怖。由于殡仪从业人员严重不足，很多人在家庭死亡后，遗体在家没有人去处理，甚至在大街上也堆放了遗体，进一步增加了传染的风险。即使有人处理，也根本买不到棺材。首都华盛顿卫生部门还曾将运往匹兹堡的棺材强行征用。
教会在疫情期间发挥了很大作用。
教会组织马车，巡街叫喊收拾遗体。教堂的神父、牧师、神学院的学生都拿起了铁锹。此外，啤酒厂等一些工厂的冷冻仓库被改建成了太平间，城市总共新增了5处太平间。制造公交车的汽车厂开始生产棺材。公路局的挖掘机被命令用于挖掘坟墓（实际是万人坑），市政府的公务人员、监狱的犯人也都参与埋葬遗体。
大量志愿者在挖掘集体坟墓。
罗森布拉特博士（Sidney Rosenblatt)）在费城疫情期间，刚刚到犹太医院（现在改名为爱因斯坦医学中心）实习，他在日记中记到：在（10月）最后几周，我经历了人间地狱。我做的所有工作就是宣布并签发死亡证书……景象令人心碎。
美国1918年开始的大流感总共导致2200万美国人染病，在最严重的10月份，全美就有19.5万人染病身亡，整个疫情期间死亡人数高达67.5万人，是一战美国牺牲人数的5倍以上，美国最大的对手不是德国人的炮弹和毒气，而是病毒。
事实上，费城的悲剧很大程度上是拜联邦政府的战争政策所致。1917年正式对德宣战后，美国政府就将战争宣传工作视为重中之重。宣战仅仅2个月，美国就通过了所谓的煽动法（Sedition Act），任何批评政府和战争的言行都属于重罪，可能导致20年监禁。
美国军方早在8月3日，就收到过情报，瑞士发生了类似黑死病的疫情，但基于战时的宣传向国内隐瞒了信息。
9月份，美国军队已经出现比较大面积的疫情感染，但联邦政府负责医疗的总医官布卢（Rupert Blue）却称：如果已经采取了合适的预防，那就没有理由拉响警报。上行下效，费城有关官员在疫情期间不断以谎言欺骗民众就不奇怪了，更重要的是，他可不想因为告诉民众真相而被人举报是影响战争士气。
不过，还是有一些地方的官员及时将真实情况通报给了民众，并适时采取了措施，使得感染率和致死率大大低于全国平均水平。密西里州的圣路易斯市就是其中的代表。1918年，圣路易斯有80万居民，是美国10大城市之一。卫生局长施塔克洛夫（ Max C. Starkloff）一直紧密监视周围军营的疫情发展情况，并提前在媒体上发布防护措施，在出现病例后，又及时采取禁止聚集、关闭公共场所等果断措施，圣路易斯的疫情控制就取得了好得多的成绩，避免了无谓的牺牲。
圣路易斯单日最高死亡人数是60人，而费城是759人。圣路易斯累计感染死亡人数仅1703人（事实上，由于后期市民和企业不能持续忍受有关的疫情控制措施，提前解除控制措施使得疫情死灰复燃，导致了较大伤亡，这本也是可以避免的死亡），而费城超过20000人。按照每10万居民病亡人数进行比较，圣路易斯为358，全美为612，而费城则是819。
这场疫情之所以难防范，跟当时医学水平也密不可分。
1892年，俄国植物学家伊凡诺夫斯基发现烟草花叶病的致病因子能通过当时各类细菌都不能通过的细菌过滤器的微孔，这一发现暗示了可能存在一种比以前所知任何一种细菌都要小得多的病原体。
1898年，德国细菌学家莱夫勒和弗罗施证明动物中的口蹄疫病也是由病毒引起的，这是当时所知的第一种由病毒引起的动物病例。他们还提出其他一些感染性疾病，如天花、麻疹、猩红热、牛痘等产生的原因，也都可追溯到那些非常微小的病毒。这在病毒学史上具有划时代的影响，是人类认识病因过程中的一次重大突破。
不过，一直到1939年，德国科学家考施在电子显微镜下才观察到病毒的形状，这是人类第一次真正看到病毒。
也就是说，在1918年疫情发生的时候，人类还没有见过病毒，病毒的研究仍然是极少数科学家的前沿研究，对大部分医生和老百姓而言，病毒还是一个非常陌生的概念，对病毒传播规律的认识更是无从谈起。
因为感染者血液缺氧导致皮肤呈现恐怖的蓝黑色，1918年的大流感曾被误认为是14世纪肆虐欧洲的黑死病又回来了。此外，霍乱、伤寒、登革热等历史上存在的恶性传染病都有医生认为是此次疫情的罪魁祸首。由于当时对细菌的认识已经比较充分，更多的医生认为是一种致命病菌导致的，以为细菌就是微生物的全部，很少人想到是病毒作祟。
科学家经过多年研究，已证实H1N1禽流感病毒是1918年这场瘟疫的祸首。从这个角度讲，100年前这场大疫是人类历史上最大灾难之一。
