5月14日、23日、27日清水港、横滨港、东京港相继被迫关闭。6月7日开始，以琉球群岛（冲绳）作基地的PB4Y-2海军机加入了第4期作战，持续攻击日本各航道，美军出动飞机404架次,对日本沿海重要港口投放3542枚水雷,并在混合使用定时、定次器的同时，继续降低水雷引信的灵敏度。导致日本各港口被封锁2星期左右；6月份，日本实际舰船损失估计为30万吨；6月29日盐釜港关闭。
到了这个地步，日军依然想保留往朝鲜半岛的航路作据点，不过美军当然不会让日军得逞， 7月9日至8月15日，最后阶段开始，美军出动B29轰炸机474架次，布雷3746枚，这次的封锁范围从日本本土延伸到了朝鲜半岛，舞鹤港、新潟港、船川港、朝鲜半岛的釜山港被投下水雷，特别是运送满中国东北粮食的罗先港被重点关照，投下420枚水雷，此时日本的扫雷力量已经损失殆尽，基本上是坐以待毙，各港又被封锁10天~15天,并损失舰船约30万吨。
1945年7月18日,17000吨的护航航母“海鹰”号在九州附近触雷受伤,6天后又被一颗水雷炸伤,最后被美空军和海军飞机击沉。
三， 日军的“反水雷”行动
日军就这么看着美军扫雷吗？当然不会！日军也进行了“反水雷”作战计划。早在战役第一阶段，日军就已经加强了防卫，日本使用扫雷舰艇和小型自杀性舰船开辟航道，对于濑户内海和关门海峡这一命脉重点加以保护，将新设的第7舰队用来保护关门海峡及对马海峡的贸易线，命佐伯海军航空队负责迎击B-29轰炸机。日本陆军亦在小月机场布置防空战斗机队，还在大阪市周边地区布置高射炮对抗美军轰炸机队。
不过此时的日本军队能力很有限，根本无力阻止美军布雷。更糟糕的是，日军把雷达、高炮和探照灯等从主要产业城市的周围,移到可以阻止B一29飞机投放水雷的海岸附近，这又使得这些城市的空防力量得到削弱，最终找来美军轰炸机的狂轰滥炸。
而到了第二阶段，日本改用小型木壳船扫雷，不过对于美军这些改进了引信的磁性水雷却显得捉襟见肘。1945年5月,日本动用海军的所有研究机构,开始有组织地研究、实验。同时还组织各大学的教授、陆军、海军和民众联合的大委员会,认真地寻找扫除水雷的对策，但最终毫无进展。日军此时已经是穷途末路，根本无力对抗美军的“水雷封锁战”，只能看着美军敷设的海面也渐渐地从内海移到日本海沿岸,使整个日本海区都敷设水雷。
