不过在短暂的胜利后，日军的噩梦也开始了。1944年4月，缅甸的雨季提前到来，道路变得泥泞难行，而负责运送辎重的牛羊则成批走散，这种愚蠢的运输方式让日军丧失了大批军需。此时英军已经在英帕尔外围集结了15万大军准备反攻。前线的各师团长意识到再继续进攻已经毫无意义，纷纷向牟田口建议立即撤兵，保存有生力量。但刚愎自用的牟田口又岂会就此罢休？他不顾下属的反对，强令各部队进行强攻，要求在4月29日裕仁天皇生日之前拿下英帕尔，以此向天皇邀功。
在英帕尔与科希玛之间的帕雷尔（Palel）一带阻击日军的英印军队廓尔喀士兵
前线官兵只得硬着头皮向前进攻，但已经完成集结的英军炮火变得越来越猛烈，军粮短缺让士兵饥肠辘辘，潮湿的气候和肆虐的蚊虫让痢疾与疟疾开始在军中蔓延，很多士兵还没有见到英军的影子，甚至还没有发一枪一弹就倒毙在路边。眼看着军队又要重演瓜达尔卡纳尔岛的悲惨一幕时，第31师团长佐藤幸德在好不容易拿下科希玛后停止进攻，并违抗牟田口的命令组织后撤，其他两个师团长纷纷响应，至于跟在后面的印度国民军，不是跑回老部队投降当二次俘虏，就是撇下大部队逃得没影了。
英帕尔战役期间，对日军补给线进行空袭的英国皇家空军“飓风”Mark IV型战斗机
牟田口看到师团长居然联合抗命，一怒之下将这三名高级将领全部撤职。要知道，在旧日本军国主义时代，师团长一级的人物只有天皇才有权力签发命令进行任免，牟田口这种明显的僭越行为令前线官兵极为不满，而在后方发泄完怒火的牟田口居然还能在办公室里闲庭信步，甚至还扔下十万火急的军情到当地的酒馆里招妓玩乐。
