据计算，平陆运河所产生的土方可能有修建三峡大坝产生的土方的三倍那么多。
这么多的土方要怎么处理，这本身就是一个难题。有人建议把这些土方运送到隔壁香港去吧，用来填海造地，也缓解香港人们土地不够的现状。
当然，这个建议看起来很美好但是实施起来基本是不可能的。事实上，工程师们给这些产生的巨量土方已经安排了去处。
由于修建运河不可避免的会对沿途的耕地造成一定的破坏，因此，为了在开发经济的同时保护环境，工程师们将这些土方设计填充到合适的地域，建成新的耕地。
挖河土方解决之后，还要克服整条运河从内陆到海港60多米高差的问题。为了让巨轮能平顺地从内陆行驶到海港，工程师们给巨轮们设计了三道枢纽。通过枢纽升降船闸，让船只一步一步地来到海港的高度。
