不过，古井集团和整个白酒行业很快迎来第二个巨大挑战。
2001年，国家税务总局对酒类产品消费税政策做出调整，开始按照每500克售出白酒计征0.5元的消费税，全国白酒产量也逐年下降，古井贡酿酒规模也逐步收缩，叠加其多宗投资多以失败告终，古井贡酒的财务出现恶化。2000年起，古井贡利润开始连年下滑。2003年更出现上市以来的首次亏损，归母净利润为-0.44亿元。
2003年底，在亳州市政府的主导下，王效金开始酝酿改制。
据《南方周末》报道，当时古井集团的改制方案为"全体员工持股、管理层持大股"，由员工及管理层共同设立的持股公司持有古井40%股权，余下的60%国有股对外出售。这家共同设立的持股公司股权中，普通员工占60％，管理层占股40％。但方案中"普通员工每人有３万股，王效金一人则有1000万股"的规定引起不少员工的不满。
改制尚未成功，2007年4月13日，王效金在家中被安徽省纪检部门带走。
2008年7月24日，安徽省宿州市中级人民法院公开审理案件。经法院审理查明，自1991年10月至2007年3月，王效金在担任古井集团董事长等职务期间，利用职务之便，为他人在原材料采购、广告承揽、合股经营等方面谋取或承诺谋取利益，收受他人贿赂共计人民币507万元、美元67余万元和港币5万元。同时，包括王效金在内，古井集团先后有11名高管皆因受贿罪被查处。
2009年2月初，安徽省高级人民法院对王效金受贿案作出终审判决，王效金被判处无期徒刑。那天起，古井集团的"王效金时代"也随之落幕。
古井集团曾一度被王效金称做是"自己生命的延续"。一位与王效金交往多年的朋友曾对《南方周末》记者说，王效金曾对他表示，"自己最大的遗憾是两年前的古井贡改制没有成功"。
2023年，古井贡酒成功迈入200亿元营收大关，稳居安徽白酒头部地位。
