小孙提交了涉案食品过期的证据，包括支付凭证，购物视频，拍摄有在被告日用品店货架上选购涉案食品、查看该食品外包装信息，直至结账付款的购物全过程。
法院认为，生产者、经营者禁止生产经营标注虚假生产日期、保质期或者超过保质期的食品、食品添加剂，同时，生产不符合食品安全标准的食品或者经营明知是不符合食品安全标准的食品，消费者除要求赔偿损失外，还可以向生产者或者经营者要求支付价款十倍或者损失三倍的赔偿金；增加赔偿的金额不足一千元的，为一千元。
本案中，小孙2023年5月6日在被告处购买的涉案食品已经超过保质期。被告作为直接销售涉案食品的销售者，在涉案食品外包装上明确标示生产日期和保质期的情况下，对过期的涉案食品未能尽到及时检查和下架处理的义务，仍销售给原告，应认定属于销售明知是不符合食品安全标准的食品的情形，应承担惩罚性赔偿责任。故小孙要求被告退还货款3元并赔偿1000元，于法有据，法院予以支持。鉴于涉案食品早已过保质期，法院责令小孙自行将该食品作无害化处理或销毁。
而小孙自认其明知涉案食品过期仍选择购买，且未食用涉案食品，现有证据不足以证明小孙的人格权受到侵害，故其要求被告赔礼道歉，理据不足，法院不予支持。
综上所述，判决被告广州某日用品店应向原告小孙退还货款3元，支付赔偿金1000元。
