第二个版本：出自《明史》："孝孺投笔于地，且哭且骂曰：'死即死耳，诏不可草。'成祖怒，命诸市"，其意就是朱棣谋朝篡位成功后，为了占据大义，让自己的帝位变得合法，所以就叫身为大儒的方孝儒起草即位诏书。但是方孝孺不但不同意，还大骂朱棣是谋朝篡位的逆贼，最后朱棣被惹怒，下令将其车裂于市。
第三个版本：出自《野记》："文皇既即位，问广孝谁可草诏?广孝以方对，遂召之。数往返，方竟不行，乃强持之入，方披斩衰行哭。既至，令视草，大号，詈不从，强使搦管，掷去，语益厉，曰："不过夷我九族耳!"上怒云："吾夷汝十族。"左右问何一族?上曰："朋友亦族也。"于是尽其九族之命而大搜天下为方友者杀之"，大意就是明成祖要方孝儒起草继位诏书，方孝儒不肯起草，明成祖就以诛他九族恐吓威胁他。方孝儒却很硬气的说：你就是诛我十族又怎样?于是朱棣遂诛了他十族。
在这三个版本中，以《野记》所记载的事情，最让人所熟知，但是我们刚才也说了，方孝孺被诛十族，这多半是假的，因此《野记》所记之事，也多半不可信。至于第一、第二个版本，其可信度较高，两者所记载之事大同小异，只是《明史》记载的更为详细。
从《明史》、《明太宗实录》可知，方孝孺之所以被杀，是因为他不愿意听从朱棣的吩咐，不愿意为他这个谋朝篡位者撰写即位诏书，再加上方孝孺又是建文帝的死忠分子，建文帝在位时，他就多次上谏，要对朱棣下死手，并在对付朱棣一事上，多次出谋划策。
因此，因方孝孺至死不降，且对朱棣始终有仇恨，如此朱棣只能杀了他。
