对于朱棣而言，其实杀方孝孺没有对错之分。自古成王败寇，方孝孺作为败者一方的成员，加之又誓死不降，因此无论如何，朱棣断然不会留下这一"祸害"。要了解，方孝孺可是明初大儒，师承元末被誉为"天下第一儒"的宋濂，他在士人圈中的地位和影响力都是极其显贵的，如若朱棣放过方孝孺，而方孝孺却一意孤行的要与朱棣对抗，凭借着他在士人圈中的影响力，他绝对能给朱棣造成一定的伤害，虽说不能够推翻他，但是恶心一下他，给他的继位抹上一些黑点，让他身后名变污，这却是完全可以的。
因此，对于朱棣来说，在方孝孺打死都不投降的情况下，杀他是唯一的选择，留着他对朱棣没有任何的好处，反而会是"祸害遗千年"。至于为何要诛杀方孝孺全族，个人认为这就是朱棣在立威。毕竟朱棣是属于实实在在的谋朝篡位，说白了就是逆贼，他的帝位得来的就不光彩，此时天下有一半的读书人和官员或是明里，或是暗里的反对朱棣的。因此，对于朱棣而言，他要想稳定住自己的帝位，就必须立威，让天下人害怕自己，不敢反对自己，由此作为天下读书人所敬仰的方孝孺，他自然就成为祭旗的对象，"灭其全家，以堵天下攸攸之口"。
而对于天下读书人而言，朱棣杀方孝孺，自然是杀错的。方孝孺在他们眼里，可是道德的典范，是读书人的标杆，是"天下读书种子"。因此，杀掉方孝孺，对于读书人来说，就是浇灭了他们所有的希望。
当然，无论方孝孺被杀的对与错，方孝孺的精神却是让人值得尊敬的，你说他愚忠也好，还是愚蠢也好，他对于自己心中的那份道义的坚持，并为此不惜"以身殉道"，是"有杀身以成仁，毋求生以害仁"，这份精神就值得我们为之尊敬。正所谓"明代学问文章远逊唐宋，惟气节独高千古。其倡之者，方正学也。……宋儒道学，至元末而已衰，地方正学以气节振之，一代忠臣烈士，接踵而出。论明儒者，当以方正学为第一。《明儒学案·师说》始于方正学，得之矣"，其坚持道义、英勇就义的气节足以让他彪炳史册，流传千古。
当时，对于方孝孺而言，其要保住身家性命并不难。他与齐泰、黄子澄两人不同，他并非是主导削藩的核心人物，再者他虽为建文帝在削藩一事上出谋划策，但建文几乎就没有采纳过他的计策，所以他对朱棣而言，并没有那么的遭人，且当时方孝孺的名声又极为显贵，朱棣急需借用他的名声去安抚天下的读书人，因此如若他投靠朱棣，朱棣断然不会杀他，反而有可能让他"使稍稍迁就，未必不接迹三杨"，即跟杨荣、杨士奇、杨溥一样，成为内阁大臣。
方孝孺也未必不知，拒绝朱棣，后果会十分严重，而只要他答应为朱棣起草即位诏书，不但能保住性命，荣华富贵也会接踵而来。但是，方孝孺实在太刚，他不愿意去受一个篡夺皇位的藩王驱使，因为在他看来，朱棣就是一个乱臣贼子，跟着他干，就等于背弃自己的道义，而背弃了自己的道义，就等于是让自己生不如死。他不愿背叛他曾经为之效力的建文帝，不愿为苟且偷生而丧失气节和操守，所以与其生不如死，还不如慷慨就义来得痛苦，最终他选择了慷慨就义。
只得说，方孝孺是"读书种子"，当时的第一大儒。
对于天下而言，方孝孺贡献无疑是非常大的，尤其是对读书人而言，他视道义为生命的精神，替天下"正统"之说重建了道义原则。明之前，对于正一统说，人们只重视大一统，而轻道义，基于此，当时皇帝为了争夺正统的身份，往往是不择手段，利用武力来解决一切，致使生灵涂炭，生灵涂炭。但是，随着道义原则的重建，在方孝孺的熏陶下，天下人对于正统的看法，开始慢慢倾向于是否道义，如若其皇帝不道义，则势必会被天下人所声讨，其势必不稳固。
由此，为了让自己的帝位稳固，皇帝往往就只能是或被迫，或主动地讲道义，因此这就有效的抑制统治者的欲望和滥权，因为道义在公不在私。将道义高悬于世俗和强权之上，突出"正"在正统论中的地位和意义，极大地鼓舞了读书人对于理想政治的追求，从而避免了正统论沦为帝王之术的附庸，反而是成为了一种能约束帝王行为的存在。
