于是在1598年时，王士琦作为总兵刘綎的监军，跟随刘綎一同前往朝鲜抵抗倭寇侵略。根据《明史》记载，刘綎当时率领大军初入朝鲜之时，一开始进攻却遭遇了失败，开局不利让大军军心动摇，以至于朝鲜百姓皆逃，军士战心不稳。
这时候，作为监军的王士琦便身先士卒，亲自上前抗敌，只说自己将以死报国，誓不逃离。兵士在其壮言之下，受其鼓舞，重整军士，之后王士琦又屡屡献策，帮助刘綎连下战绩，居功甚伟。
等到后来论功行赏之时，王士琦却丝毫不居功，把自己的功劳送给别人也不在意，对他来说，报效国家，安定百姓才是自己真正要干的事，至于功劳不功劳的，都是次要的了。王士琦就是这样一个立功不居功，清廉公正的官。
