另外当时的建文帝还有两个儿子，长子文奎是当时的皇太子，已经七岁了。明史记载道：燕王大军进入都城，不知道所踪。既然7岁的皇太子都能在事变中逃跑在外，更别说大活人建文帝了。燕王进入南京后，建文帝的遗臣除了大量逃跑之外，留下来的大多不屈而死，就是朱棣的瓜蔓抄和灭方孝孺十族等惨事。
那么这些人除了封建时代的气节之外，跟建文帝逃亡在外有可能复辟有关。对于建文帝他们还存在各种幻想，这个是他们抗拒明成祖的动力。当时的方孝孺就提前提出如果南京守不住，让建文帝车驾去四川，调集天下勤王大军。
所以后来的朱棣派自己的心腹到云南、四川以及海外的菲律宾、泰国、缅甸等地方寻找建文帝的下落，至于建文帝是削发为僧藏起来了，还是浪迹天涯逃到海岛之上，到现在也没得出结论。如果当时留下了建文帝的陵墓，那么通过比对陵墓中的尸体的DNA也许会得出建文帝是不是死于火了。
