在根据地遭到巨大威胁的情况下，捻军兵分两路突围，形成了"东捻军"
与"西捻军"。
之后张宗禹的"西捻军"甚至沿着河南攻入进入陕西，还和回民造反势力联合，一度蔓延到北方各个处，而之后张宗禹又进行北上，继续转战，但由于采取流寇的作战方式，实力逐步损耗，之后又转战到河北、山东等地支援这里东捻军，而这两支军队最后都在山东附近被成功围剿，1868年清王朝宣布捻乱已经平息。
但实际上，捻军其实还依旧存在，1868年之后，北方地区其实依然有捻军的活动，1869年直隶地区还出现捻军的活动，1898年安徽地区还曾出现了捻军的活动，更夸张的是到了1900年河南的一些地区居然还有捻军的活动。
