但随着光宗驾崩，熹宗继位，阉党崛起，杨涟的命运也发生了转变。杨涟上书魏忠贤的二十四条罪状，在朝野上下引起巨大轰动，一时间云集响应。但魏忠贤与客氏勾结，先是阻断了东林党人上奏的渠道，而后因熹宗不识字，买通读奏折的宦官，使杨涟罢官。魏忠贤不肯罢休，将杨涟下狱，对其进行惨无人道的折磨，最终送上刑场。上刑场前留有血书，至今看来都使人敬重。《明史纪事本末》卷七一《魏忠贤乱政》中这样评价杨涟"为人磊落负奇节"。正如《明朝那些事》中总结：忠心报国，力战"阉逆"。
我们再看看后东林党代表人物钱谦益。他在天启时代任詹事府少詹事兼侍读学士，相当于准帝师，在阉党时代受到迫害比较轻。崇祯时，他任礼部侍郎。此时他脱下旧服换新袍，没有了气节，眼看着以杨涟为首的东林六君子在牢中悲惨死去。他开始反思：认识到权力就是公理，人生要及时行乐。
再次复出的他无所事事，不是与温体仁争首辅之位，就是以匹嫡之礼迎娶秦淮名妓柳如是，说着"买回世上千金笑，送尽平生百岁忧"之语，最后自愿削发，投降于清，做了清朝的臣子。
