如果这些罪证落实，对于毛文龙来说，绝对都是死罪。随随便便拿出一桩，都够他喝一壶。尤其是崇祯帝登基之后，毛文龙预感危险越来越近了。原来，毛文龙派驻在京城的密探向他汇报，说新皇帝刚刚登基，就下令节源开流，这必然会在全国大查账目。到时候自己吃不了兜着走。一起坐以待毙，不如冒险大干一票，说不定还能有个更好的前程。于是，毛文龙动起了歪心思，他把眼光落到了敌人那里，决定与金国合作。
崇祯帝
他的这番歪脑筋，被袁崇焕知晓。袁崇焕对毛文龙的不法情况了如指掌，他在还没有正式接触毛文龙之前，就已经定下了应对之策。在京城期间，钱龙锡和袁崇焕聊关外形势，问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：可用则用之，不可用则杀之。这说明袁崇焕的内心早就有了杀毛文龙的心思。正是后来袁崇焕当机立断，先斩后奏，才保住了皮岛，否则毛文龙一旦裂土称王，皮岛将不再是大明的领土。
当然，袁崇焕杀毛文龙，在法理上属于职务越权和侵犯皇权，因为他虽然有"尚方宝剑"，但只能杀四品及以下的官员。只不过当时袁崇焕和崇祯帝的关系属于蜜月期，所以朝廷没有追究，但袁督师终究要为擅杀毛文龙付出代价。这就是后话了。
