事实上，有确凿的证据证明，毛文龙不但不是很多人心目中的忠臣，而且他有勾结敌人、裂土称王的举措。
皮岛总兵毛文龙在历史上有什么样的罪，是早就板上钉钉的。他在皮岛就是无法无天的军阀恶霸，贪腐无道、培养私人军队且不论，甚至在当时为了个人野心与后金政权进行了多次的私下谈判。这就超越了大明官员应该恪守的最低界限了。你弄钱、弄权，那是个人作风问题，而与外敌勾结，性质就不一样了。
他与敌人谈判是什么目的呢？依据后来公布的信件记载，原来这位皮岛总兵野心勃勃，打算将皮岛从大明疆土割裂出去，向后金投靠。但是毛文龙又不愿意直接归后金管辖，他想和皇太极讨价还价，说我们以后就是金国的人了，也可以称臣，但是应该仿照朝鲜一样设立藩国，以后我们关起门来自己玩。后金有点不乐意，但是又急需拔掉皮岛这根钉子，所以就回信说我们再商量商量。这一来二去，书信往来不断，毛文龙和后金还没有来得及最后谈妥，就被得知消息的袁崇焕斩首了。
有人可能会反驳说，这些书信就不能是捏造的，是为了抹黑、离间大明杰出将领而编造出来的吗？
还真不是捏造。要知道，如果后金真的为了抹黑毛文龙、离间毛文龙与大明朝廷的关系，应该早早就公布这些来往的书信内容才对，可是一直到清朝覆灭，这些书信都不被外人所知。这些毛总兵当年勾结后金的书信，一直晚到民国年间才被公开。这些书信一共为7封，被清廷收藏在《满文老档》里面。而《满文老档》属于宫廷的私藏，相当于绝密文件，根本不是对外开放的。所以，毛文龙勾结后金，企图裂土称王的罪证过了200多年才见天日，这也证明了不是后金政权陷害了毛文龙。
