嫡长子继承制也会受到一些情况的干扰，君主可以出于个人的喜欢，以主观行为干扰嫡长子继承制度的实行。君主对嫡长子有看法，甚至是讨厌，或者有人干扰君主对嫡长子的看法，就会让君主废除嫡长子的储君，而另立他人，如隋炀帝杨广善于伪装，而大哥杨勇性格宽厚仁和，率意任情，没有虚伪作假，杨勇的率性而为让父亲隋文帝杨坚反感，而杨广更加开始伪装，最终太子杨勇被废，杨广成为了储君。
嫡长子继承制还会受到正妻皇后的影响，正妻如果失宠，导致皇后地位动摇，最终被君主废后，而另立新后，那么原皇后所生的儿子就会受到影响，太子地位也会不保。如汉武帝的第一任皇后陈阿娇，汉武帝在太子之位时就是太子妃，之后刘彻成了皇帝，陈阿娇也成为了陈皇后，之后汉武帝刘彻看上了卫子夫，陈皇后最终被废，卫子夫被汉武帝立为了皇后，还好陈皇后并无子嗣，不然也会影响到儿子地位。
卫子夫成为了皇后，卫子夫所生的长子刘据也被立为太子，之后发生了巫蛊之祸，皇后卫子夫和太子刘据最终都身死，汉武帝又宠爱了其它的妃子，钩弋夫人成为了刘彻的宠妃，而钩弋夫人的儿子刘弗陵作为汉武帝的少子被立为储君，登基为帝。从以上种种情况，可见嫡长子继承制度存在很多的不足和弊端。并且皇帝突然去世，遗诏被人篡改，那么嫡长子或者长子的地位也会受到影响。
如果秦始皇在东巡途中突然病逝，虽留有遗诏，让长子扶苏主持葬礼，登基为帝，但被宦官赵高和李斯、胡亥合谋，将诏书篡改，最终发动沙丘之变，几人伪造诏书拥立胡亥为帝，又伪造诏书赐死长子扶苏。而胡亥的帝位来的名不正言不顺，根据嫡长子继承制，怎么也轮不到始皇的小儿子胡亥继承帝位，胡亥为此听信赵高谗言，将威胁到自己帝位的兄长全部杀死，并且连姐妹也没有放过，秦朝也自爱只知道贪图享乐的胡亥手中灭亡。
