但到了洪武初年，朱元璋开始在江南地区开战打压商人阶层。宁可让没有田地的编户民去开垦收成很低的荒地，也不让他们有机会从事商业活动。1391年时，明朝又重申了自己的反商业政策。任何未经允许就经商的人，都可以被按律治罪。此外，朱元璋还用很多硬性规定打压商人。比如下令农民可以穿绸纱，但商人却只能穿绢布。这就是要在阶层认定方面，把商人打到社会底层。
当然，朱元璋虽然仇视和打压商人基层，但同样意识到商业活动对社会日常运转有不可或缺作用。通过元朝的经验终结，明朝人也清楚自己在农业社会获取的大量财富，只能通过发展商业手段来加以巩固。否则不用说开疆拓土，连基本的军政开销都难以维持。但朱元璋所理解的商业活动，并不是今人理念上的市场经济，也不是宋朝时的强政府干预模式。按照他的伟大设计，明朝国内的商业活动将全部由官府按计划操办。
明朝的商业活动 将完全由朝廷把控
因此，明朝首先是实行各领域的专卖，达成对大宗高利润商品的垄断性经营。其次，再由朝廷统一规定其他商品价格。当时的各州府县的兵马司，就会同时兼任市司，负责对本地市场进行价格指导与规范。
