为此在嘉靖年间明朝开始采取募兵制、默许私兵，并辅以征召西南土兵参与明朝的军事行动，以弥补卫所军力不足的窘境。
到万历十年，张居正主政期间厘清明朝所有在编军队数量为981930人，募兵68271人，相较于遍布各地的卫所兵，募兵多集中在江南、广东等东南地区。其中战力最强的当属嘉靖三十八年成立于浙江义乌的戚家军，这支起初兵力规模仅三千人的募兵，在戚继光的严格训练下，凭借当时领先世界的军事训练和装备水平，在对倭寇及北方蒙古的作战过程中未尝败绩，被称为16-17世纪东亚最强军队。
"继光至浙时，见卫所军不习战，而金华、义乌俗称慓悍，请召募三千人，教以击刺法，长短兵迭用，由是继光一军特精 。 又以南方多薮泽，不利驰逐，乃因地形制阵法，审步伐便利，一切战舰、火器、兵械精求而更置之。"戚家军"名闻天下。继光在镇十六年，边备修饬，蓟门宴然。继之者，踵其成法，数十年得无事。"
