1629年的一天，袁崇焕以邀请毛文龙观看士兵骑射为理由，将毛文龙诱骗到自己的地盘，然后做好了埋伏，等到毛文龙一到账下，立刻就其制服，然后宣读了毛文龙12条罪状。不等毛文龙过多的解释，袁崇焕就将其砍杀。
毛文龙也许在许多方面做的都不对，但是袁崇焕真不该在此时杀掉他，如此后金就没有后顾之忧了。所以后来袁崇焕在被杀时，其中一大罪状就是擅自做主杀掉毛文龙。
毛文龙死后，他手下的悍将没有人能统领，很快就失去了战斗力，值得一提的是，在毛文龙的部下，出现了三个人，他们日后成为了清朝的三大藩王，定南王-孔有德、靖南王-耿仲明、平南王-尚可喜。
毛文龙被杀后15年，大明江山就灭亡了。
