眼瞅着左翼蒙古被后金渗透，再加上失去了互市之地，林丹汗决定西迁宣、大外的右翼蒙古之地。"实以建州强，惧为所并，知卜失兔弱，移牧于西。"
察哈尔一旦西迁就与土默特、喀喇沁部、鄂尔多斯部、阿巴亥部爆发了冲突。在双方相持的情况下，右翼蒙古决定向后金新主皇太极求援。天聪二年（1628年）七月，喀喇沁组织部派喇嘛率530人的代表团来沈阳见皇太极，达成了讨伐林丹汗的协议。在皇太极看来这是消灭林丹汗这个祸害的好机会。遂以盟主身份与归附后金的科尔沁、奈曼、敖汉、札鲁特、喀喇沁等部组成联军于天聪二年（1628年）、天聪六年（1634年）、天聪九年（1635年）三次讨伐察哈尔，最终消灭，得传国玉玺而还。
皇太极在三次征讨察哈尔期间不断用法令和制度约束各部，如天聪三年（1629年）正月，命令科尔沁、敖汉、奈曼、喀尔喀、喀喇沁诸部要悉遵国制。
天聪八年（1634），命各部管事大臣划分各部地界，严禁各部互相侵越。在天聪九年编审内在喀喇沁壮丁，除残疾者外，年六十以下、十八以上一律编审，正式编订蒙古八旗，从此以后蒙古八旗成为八旗劲旅的组成部分，成为对明作战的主力军。
