多伦会盟碑
而身处漠北的喀尔喀蒙古（非内喀尔喀蒙古），后金统一漠南蒙古对其影响很大。在察哈尔被灭后，车臣汗硕垒偕同乌珠穆沁，苏尼特诸部长进贡骆驼、马匹。清崇德二年（1637年），喀尔喀三部遣使来朝，皇太极规定喀尔喀三汗每年献"白驼一、白马八"，是为"九白之贡"。喀尔喀正式臣服于清朝，清朝完全掌控喀尔喀蒙古是在康熙三十年（1691年）的多伦会盟以后。
而此时漠西蒙古是处在巴图尔珲台吉执政时期，于顺治七年（1650年）正式与清朝建立臣属关系。而掌控漠西蒙古是在乾隆二十二年（1757年）。
虽然满清不断对蒙古进行军事打击和联姻以保证后方，但在顺治三年（1646年）清军入关，无力兼顾北疆之机，车臣汗硕垒依然诱使漠南蒙古苏尼特部部长腾机思发动反清叛乱。清朝封多铎为扬威大将军率兵会同漠南蒙古科尔沁、土默特、乌珠穆沁部合剿。土谢图汗两个儿子率兵二万，车臣汗硕垒出兵三万抵抗清军最后被清军击败，叛乱被很快平定。"师次札济布喇克，喀尔喀土谢图汗两子以兵二万，硕雷汗子以兵三万，两路迎战，我师奋击，大捷，追奔三十余里。先后斩级数千、俘千余人、获驼千九百、马二万一千一百、牛万六千九百、羊十三万五千三百有奇。"
顺治五年（1648年），苏尼特部长腾机思向清朝乞降，车臣汗硕垒、土谢图汗衮布上表引罪，此事告了。所以，在清军入关的时候，漠北蒙古是对清朝进行过背后一击的，试图摆脱清朝影响，但是根本打不过。
