理由有几点：
1.祖大寿有过类似的叛逆行为。皇太极攻打北京之时，袁崇焕被杀，祖大寿心灰意冷，在战局不明朗的情况下想直接率军回辽东，好在袁崇焕在狱中给他写信，他才改变主意。但崇祯可不会这么想，关宁军毕竟不是祖大寿的私军，岂能说带走就带走呢？崇祯势必对祖大寿起猜忌之心。
2.祖大寿降清是事实，还杀死大将何可纲，已犯死罪。虽然重新回归大明，但罪过却不能免除。
3.祖大寿的家人还在皇太极手中，而且皇太极对他的家人还挺好，并以此来劝降祖大寿。崇祯不能不担心，祖大寿会不会哪天真降了。
所以以崇祯多疑的性格，肯定会对祖大寿有着很深的忌惮。但他不敢轻易动祖大寿，祖大寿是大将，正镇守锦州城，如果没在万全的计划就去动祖大寿，无异于逼迫祖大寿真的投靠大清。所以崇祯曾三次下诏要求祖大寿进京述职，祖大寿毕竟不傻，要是真的进京那他就死路一条，袁崇焕的悲剧就会在他身上重演。
