可是，令董昭和背后指使他的曹操出乎意外的是，荀彧直截了当的就反对了董昭的意见。荀彧说曹操兴义兵，是为了匡扶汉室，使天下安定，应当秉忠贞之诚，守退让之实。至于董昭你，应懂得君子爱人以德的道理，不宜如此行事。
就这样，在曹操是否进国公加九锡的问题上，荀彧和曹操产生了矛盾。史书上说曹操得知荀彧的反对态度时，"心不能平"。从此，荀彧不再是曹操心中的张良，而成为了曹操前进道路上的障碍。
终于，在曹操讨伐孙权的时候，曹操在途中上表天子，让荀彧到谯县劳军。可是，当荀彧赶到谯县犒军完毕后，曹操却再也不放荀彧回去了。曹操把他留在军中，命他以侍中、光禄大夫身份持节，参丞相军事。
荀彧最后是被曹操剥夺了一切权力，软禁在军中而死的。这是因为曹操害怕他留在许都，会对自己不利。荀彧也看破了这一点，他赶到军中，想要和曹操最后再谈一次。但是，曹操知道他想说什么，当场拒绝了他。
