他的理由是相当充分的，他搬出了朱元璋的《祖训》，其中有这样一句话："朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王统领镇兵讨平之。"而所谓的奸臣自然就是主张削藩的齐泰和黄子澄。所以朱棣的这次起兵时清君侧，是为国靖难，因此才被称为靖难之役或者靖难之变。
这场战争都残酷的，就兵力而言，朱允炆的兵力是远高于朱棣的，但朱棣的兵都是实打实在战场上混过的，而他本人更是具有统军作战的经验，而朱允炆这边则似乎有点一盘散沙的意思，这也是后来朱允炆失败的原因之一，这场战争打了近四年。
1402年的夏天，朱棣兵临南京城，朱允炆还试图割地求和，只不过这个时候的朱棣想要的更多。很快，谷王朱橞和大将军李景隆打开金川门投降，南京城陷。
